Dopo alterne vicissitudini, solo nel 1651 si iniziarono i lavori di costruzione della Chiesa attuale, che noi oggi chiamiamo la terza Basilica di Desio.
Il disegno fu fatto dall'architetto del Duomo di Milano Camillo Ciniselli, mentre i lavori furono eseguiti sotto la direzione del capomastro Pietro Pozzi.
Questa Chiesa, che accolse bambino il Papa Pio XI, segna un'altra tappa di splendore per l'arte. Entrando oggi in questo grandioso tempio e sollevando lo sguardo in alto si vede la gloria dei SS. Siro e Materno nella maestosa cupola, che domina l'intero centro abitato. Al rivestimento di ardesia del tipo "a squame", messo in opera con perizia artigianale, si deve la caratterizzazione della plasticità della cupola, che si erge nella sua maestosità sul fulcro della costruzione religiosa.